A、氢气在氧气中燃烧生成水是化学变化，在反应前后元素种类不变，故A正确；
B、因为原子是化学变化中的最小粒子，故该变化中的最小粒子是氢原子和氧原子，故B正确；
C、化学变化的实质是分子分成原子，原子重新组合成新分子和新物质的过程，故C正确；
D、分子的不断运动，之间有间隔，无法从上述反应中得到证明，故D错．
故选D