A、原子是由原子核和绕核运动的电子组成，故该选项说法错误；
B、原子核集中了原子的大部分质量，不是全部质量，故该选项说法错误；
C、原子核带正电，电子带负电，故该选项说法错误；
D、原子核是由质子和中子组成的，故该选项说法正确．
故选D．