A、X^aX^a（白雌）×X^aY（白雄）→X^aX^a（白雌）、X^aY（白雄），所以不能通过颜色判断子代果蝇的性别，A错误；
B、X^AX^a（红雌）×X^AY（红雄）→X^AX^A（红雌）、X^AX^a（红雌）、X^AY（红雄）、X^aY（白雄），所以不能通过颜色判断子代果蝇的性别，B错误；
C、X^aX^a（白雌）×X^AY（红雄）→X^AX^a（红雌）、X^aY（白雄），所以可以通过颜色判断子代果蝇的性别，C正确；
D、X^AX^a（杂合红雌）×X^aY（白雄）→X^AX^a（红雌）、X^aX^a（白雌）、X^AY（红雄）、X^aY（白雄），因此不能通过颜色判断子代果蝇的性别，D错误．
故选：C．