基因工程制药：宿主细胞通过表达外源基因生产的药物；动物细胞工程制药：通过培养动物细胞生产的药物,这个药物通常是个基因工程药物；植物工程制药：通过培养植物细胞生产的药物,这个药物通常由植物细胞自身携带基因编码,因此不是基因工程药物；发酵工程制药：是指培养微生物细胞获得的药物,若药物由微生物自身基因编码,那就是传统生化药物,例如抗生素,这个药物也可能外源基因编码,那就是基因工程药物,如胰岛素、干扰素、基因工程疫苗等；酶工程制药,通过酶转化底物生产的药物,这类药物最常见的就是甾体激素类药物.
这些概念是相互交叉的,相互之间并不是独立的.