语法上说都可以,但似乎意义略有不同.
it doesn't seem to do sth 比较符合你的原句,理解为“不像是”.因为否定的是“好像”这个事情.
it seems not to do sth 语法上也成立,但是否定的是“do sth”这个事情,“好像”仍然是“好像”