①氨基酸的种类不同导致蛋白质结构不同，进而使蛋白质的功能不同，①正确；
②氨基酸的数目不同导致蛋白质结构不同，进而使蛋白质的功能不同，②正确；
③氨基酸的排列顺序不同导致蛋白质结构不同，进而使蛋白质的功能不同，③正确；
④多肽链的空间结构不同导致蛋白质结构不同，进而使蛋白质的功能不同，④正确；
故选：D．