A、金属铜是由铜原子直接构成的，故A正确；
B、氢分子是由氢原子构成的，氢气是由氢分子构成的，B项说法错误；
C、水是由水分子聚集而成的，氧原子和氢原子结合成水分子，水分子聚集成水，故C正确；
D、在氯化钠中没有氯化钠分子，有氯离子和钠离子，故D正确．
故选B．