A、碘遇淀粉变蓝色，可鉴别淀粉，但和肥皂、蛋白质不反应，所以无法鉴别这三种物质，故A错误；
B、用浓硝酸鉴别，分别取样，在样品中加入适量浓硝酸，变黄的是蛋白质溶液（黄蛋白反应），无明显变化的是淀粉，硬脂酸钠能和强酸发生生成硬脂酸，硬脂酸不溶于水，所以有固体析出的是肥皂水，所以浓硝酸能鉴别这三种物质，故B正确；
C、氢氧化钠溶液能使蛋白质变性，和淀粉、肥皂不反应，故C错误；
D、硫酸镁能使蛋白质产生盐析，但和淀粉、肥皂不反应，故D错误；
故选B．