DNA分子的多样性是由碱基对排列顺序的千变万化决定的．每一对碱基对的排列方式有4种（A-T、T-A、C-G、G-C），因此有n对碱基对时，其排列方式就有4ⁿ种．含有2000个碱基的DNA，有1000个碱基对，所以碱基排列方式有4¹⁰⁰⁰种．
故选：B．