在研究人类起源时，用的方法是推断和论证．在研究人类起源时，根据地质考察、寻找人类遗物、寻找古人类化石等得到的材料，进行推断和论证，得到较为理想的结论．
在研究保护色的形成过程时，用的是模拟实验法．观察法和实验法是人们研究生物学的基本方法．在难以直接拿研究对象做实验时，有时用模型来做实验，或者模仿实验的某些条件进行实验，叫模拟实验．
故答案为：推断和论证； 模拟实验．