A、吞噬细胞在第二道和第三道防线中起作用，A错误；
B、感染发生时，病原体已经突破了三道防线，B错误；
C、第三道防线是特异性免疫，结构最复杂，功能最强大，但起作用最晚，C错误；
D、第三道防线的杀菌物质是指抗体，D正确；
故选：D．