A、DNA主要存在于细胞核中，RNA主要存在于细胞质中，A错误；
B、两种核酸的碱基不完全相同，B错误；
C、两种核酸的五碳糖不同，DNA中的五碳糖是脱氧核糖，RNA中的五碳糖是核糖，C正确；
D、RNA病毒的遗传物质是RNA，DNA病毒的遗传物质是DNA，D错误．
故选：C．