A、由题干信息可知“真菌化合物”的功能类似于胰岛素，而胰岛素的功能是降低血糖浓度，A正确；
B、蛋白质口服会被消化道内的蛋白酶和肽酶消化成小分子氨基酸，这样就会失去了作用，所以该化合物不能是蛋白质，B正确；
C、该“真菌化合物”的功能类似于胰岛素，因为其可以口服而不被消化，肯定不是大分子的有机物（如蛋白质），说明该化合物很可能是分子量较小的有机物，C正确；
D、蛋白质口服会被消化道内的蛋白酶和肽酶消化成小分子氨基酸，这样就会失去了作用，所以该化合物不能是蛋白质，D错误．
故选：D．