A、由乙酸（C₂H₄O₂）与过氧乙酸（C₂H₄O₃）的化学式知，都是有C、H、O三种元素组成的；故A正确；
B、由两物质的化学式知它们的每个分子里C、H的原子个数相同，而O原子个数不同，其相对分子质量肯定不同；故B不正确；
C、由两物质的化学式知它们的每个分子里C、H的原子个数相同，而O原子个数不同，其各元素的质量比肯定不同；故C不正确；
D、由两物质的化学式知它们的每个分子里C、H的原子个数相同，而O原子个数不同，氧元素的质量也不会相同；故D不正确．
故选A