游离型核糖体合成的是胞内蛋白,即合成后在此细胞内部发挥作用的蛋白质.如染色体上的蛋白质、细胞膜上的蛋白质、线粒体和叶绿体及细胞质基质中的酶.
附着在内质网上的核糖体合成的是分泌蛋白,即合成后要分泌到细胞外的蛋白质.如一些消化酶、激素等.