设购买甲种小鸡苗x只，那么乙种小鸡苗为（2000-x）只．
（1）根据题意列方程，得2x+3（2000-x）=4500，
解这个方程得：x=1500，
2000-x=2000-1500=500，
即：购买甲种小鸡苗1500只，乙种小鸡苗500只；
（2）根据题意得：2x+3（2000-x）≤4700，
解得：x≥1300，
即：选购甲种小鸡苗至少为1300只；
（3）设购买这批小鸡苗总费用为y元，
根据题意得：y=2x+3（2000-x）=-x+6000，
又由题意得：94%x+99%（2000-x）≥2000×96%，
解得：x≤1200，
因为购买这批小鸡苗的总费用y随x增大而减小，所以当x=1200时，总费用y最小，乙种小鸡为：2000-1200=800（只），
即：购买甲种小鸡苗为1200只，乙种小鸡苗为800只时，总费用y最小，最小为4800元．