A、种群基因库间出现差异是产生生殖隔离的根本原因，A正确；
B、捕食者与被捕食者相互选择，共同进化，B错误；
C、生物进化的实质是种群基因频率的定向改变，C错误；
D、生物在进化上的地位是根据生物的结构和功能来划分的，进化地位越高，适应环境的能力不一定越强，D错误．
故选：A．