A、减数第一次分裂的初级精母细胞只含有1个Y染色体，A错误；
B、有丝分裂中期的精原细胞只含有1个Y染色体，B错误；
C、减数第二次分裂后期次级精母细胞可能含2个Y染色体，也可能不含Y染色体，C正确；
D、有丝分裂前期的精原细胞只含有1个Y染色体，D错误．
故选：C．