刚果河的上游位于赞比亚境内东非大裂谷的高地山区,干流流经刚果盆地,总体流向自西向东,注入大西洋.
刚果河源头称谦比西河,过姆韦鲁湖后称卢阿普拉河,向北与发源于坦噶尼喀湖的卢阿拉巴河汇合后,过了基桑加尼附近的斯坦利瀑布后称为刚果河,折向西流,进入中游.上游地区多湖泊和沼泽.进入中游后,刚果河逐渐改向西南,接纳多条支流,最后与乌班吉河合并,进入马莱博湖,金沙萨和布拉柴维尔隔湖相对.金沙萨以下,进入下游.下游刚果河切穿晶山山脉,河面变窄,多峡谷、急流和瀑布,经过马塔迪和博马,在姆安达小镇边入海.