根据脱水缩合的定义，氨基酸的一个氨基和另一个氨基酸的羧基相互结合，同时脱去一分子子水的过程，所以两个氨基酸脱水缩合，生成的化合物至少含有一个氨基和一个羧基．如果氨基酸的R基上还有氨基或者是羧基，还要再加上R基上的氨基或者是羧基，①③④⑥四个氨基酸脱水缩合，由于③的R基是一个羧基，所以最后形成的化合物有2个羧基．
故选：B．