A、提取色素时加入二氧化硅的目的是为了研磨充分，不加就可能导致研磨不充分，提取的色素量少，进而导致滤纸条上色素带颜色较浅，A错误；
B、在画滤液细线时，等滤液干燥后再重复两到三次，画滤液细线次数太少，会使滤纸上的色素量少，也会导致滤纸条上色素带颜色较浅，B错误；
C、提取时无水乙醇加得太少，会使提取到的色素溶液浓绿，滤纸条上色素带颜色较深，C正确；
D、菠菜叶片如果太嫩，叶绿素含量少，也会使滤纸条上色素带颜色较浅，D错误．
故选：C．