1877年收复新疆的斗争正顺利进行,左宗棠认为须设行省、置郡县,才能长治久安.伊犁交涉结束后的1884年,清政府决定新疆正式建省,以刘锦棠为新疆省第一任巡抚.
新疆建省后的次第改革有：①建立一套军政管理制度,消除封建割据政权,置郡县,实行新伊分治.新疆省城设在迪化（今乌鲁木齐市）,伊犁将军仍驻惠远,权力大大削减；③整顿财政金融,裁兵节饷,统一货币,田赋实行按亩计征制度；③举办屯田,兴修水利,提倡种桑养蚕,发展农业和缫丝业；④恢复义学,新增三十多处新义学,开设书局,刊印书籍.这些改革措施,使新疆一地的经济文化迅速发展,对巩固西北边防,防御沙俄侵略,具有积极的意义.