这是一个特别的语法现象,简单来说：当两个动作都发生在过去时,应予就要区分那个先发生,那个后发生了.先发生的用过去完成时（had done）,后发生的用过去时（did）.
你的句子：我问他发生了什么事.
“我问他”发生在“发生了什么事”之后,所以,前者用过去时,后者用过去完成时.