因为土壤里的微生物种类很多,1克的土壤中就有几亿到几百亿个微生物.大部分细菌在自然生态中都是担当分解者,像分解有机质,动植物尸体或者是分解矿物质,如磷细菌能分解磷矿石中的磷,钾细菌能分解出钾矿石中的钾,以利作物吸收利用,固氮菌能利用空气中的氮,为植物提供养分等.
土壤在自然生态中乘载着大部分的有机物和矿物质,因为在土壤里的微生物种类数目是巨大的.所以被称为天然的菌种库.