这是由其中的ε亚基决定的,其构象决定了与模板和dNTP的5'OH的结合位点,这样就会形成这种复制顺序；另外,这种复制方向也有利于碱基错配的识别,便于及时消除,起到保护作用.这是从生物进化角度考虑的.
DNA聚合酶作用时的条件除了需要合成模板外,还需要提供引物提供3'－OH,所以决定了DNA聚合酶合成的方向都是5'→3'.