青藏铁路主要经过山脉有昆仑山、可可西里山、风火山、唐古拉山、念青唐左拉山,沿线跨越昆仑河,楚玛尔河（长江北源）、沱沱河（长江正源）、布曲河（长江南支源）、通天河（长江上游）、怒江水系,雅鲁藏布江水系.