A、该船自西向东越180度经线所在的日界线，也就是由东十二区进入西十二区，时刻相同，日期减去一天，区时加上5分钟，故不符合题意；
B、一艘航行于太平洋的船，从12月30日12时（区时）起，经过5分钟，日期可能会有变化，但区时应该为12时5分，故正确；
C、该船穿越180度经线，但并没有穿越日界线，也就是说在同一个时区内航行，因此日期相同，只要加上经过的5分钟就行了，故不符合题意；
D、该船自东向西越180度经线所在的日界线，也就是由西十二区进入东十二区，时刻相同，日期增加一天，区时加上5分钟，故不符合题意．
故选：B．