12和9的最小公倍数是36，用长12厘米，宽9厘米的长方形拼正方形，这个正方形的边长最小应是36厘米．
拼成正方形需要长方形的个数是：
（36÷12）×（36÷9），
=3×4，
=12（个）；
故选：D．