生物学意义的探针(probe)是指能与特定靶DNA分子发生特异性作用、并能被特定方法探知的分子.DNA指纹技术应用的核酸分子探针是指经示踪物(即标记物)标记的、能与互补靶核酸序列实现退火杂交的已知核昔酸片段.核酸分子探针可分为基因组DNA探针、cDNA探针、RNA探针和人工合成的寡核苷酸探针等.DNA指纹检测多用基因组DNA探针,另有一部分是参照VNTR位点的核心序列由人工合成.制备DNA指纹图时选择探针与选择限制酶同样重要,探针选择的基本原则是：探针必须具备高度特异性,探针制备与标记容易,以及探针的杂交必须稳定等因素.