简单地说,这是因为两个第四声的字并列在一起不好读的缘故.
说得详细点,我想说现代汉语是存在音变问题的,但我们日常能接触到的音变只有三种：1,变调；2,轻声；3,儿化.其中变调比较常见的又有三种情况：1,上声的变调（上声就是第三声,这个问题展开的话比较复杂,你愿意的话可以去查《现代汉语》黄伯荣、廖旭东版,反正跟“下载”的问题没有关系）；2,“一”和“不”的变调；3,“七、八”的变调.
总之,“下载（zǎi）”是错误读法,没有什么可质疑的,不需要怀疑咱们的词典.
*附（转自汉典 http://www.zdic.net/zd/zi/ZdicE8ZdicBDZdicBD.htm ）：
● 载
（载）
zǎi ㄗㄞˇ
1. 年；岁：千～难逢.三年两～.
2. 记录；刊登；描绘：记～.连～.转～.
其它字义
● 载
（载）
zài ㄗㄞˋ
1. 装,用交通工具装：～客.～货.～重.～体.装～.满～而归.
2. 充满：怨声～道.
3. 乃,于是（古文里常用来表示同时做两个动作）：～歌～舞.
4. 姓.