应该是没有区别 ,都表示到现在为止用完了.
非要深究的话,前者比后者用得更彻底些.
run out of ：用完,完结 use up:用光；耗尽
run out of 后接物品名词,主语一般是人
be used up 意义与run out 相同,它本身就是被动形式,主语只能是物