首先,就句子来讲,如果用why,那么句意为“你说人人平等,这就是为什么我不同意”,句子中并未提及不同意的原因,所以用why就逻辑上讲并不很通顺.一般这个句子应理解为“你说人人平等,而这（代指人人平等）恰恰是我不同意的地方”.
这里用where的原因是因为disagree这个动词是不及物动词,还原句子后是“...this is what I disagree with”,但句末并没有出现“with”,那么不能填能代替主语的that、which或what,只能填where,因为where = with which（即介词＋主语）