一般来说miRNA是细胞内源的,有着重要的生理功能,如发育、细胞周期控制等；而siRNA是外源的,可以人为转入,也可以是病毒感染后所产生的,等等.通常,siRNA与靶位点都是完全配对；而miRNA在植物中完全配对,动物细胞中为不完全配对.