你酶切的DNA是什么?
质粒的话,双酶切中间有几十bp以上,切出来的条带就是两条,这个你应该能判断的.
如果是pcr产物酶切出现了两条极近的带,那么很有可能是因为pcr产物纯化时有杂带污染,一开始跑胶的时候看不出来,后来你回收浓缩再加上酶切,再跑电泳的时候就出现了两条极近的带.
其实将这两条带回收（上面那条是目的条带的可能性要大些）,进行连接,只要操作和实验条件好的话,菌落的阳性率也挺高的,因为是双酶切连接.