A、线段MN的长就是M、N之间的距离，故本选项错误；
B、两点之间线段最短，故本选项错误；
C、两点之间的距离是指连接两点的线段的长度，故本选项正确；
D、火车从南京到南通所行使的路程不一定是南京到南通的距离（是指连接南京到南通的线段的长度），故本选项错误；
故选C．