模体（motif）即超二级结构,简言之,就是二级结构有规律的组合.例如螺旋-环-螺旋,贝塔折叠的组合、阿而法螺旋组合等.再比如亮氨酸拉链、锌指结构都是典型的模体,它们执行一定的功能,即模体即是结构的单位,又是功能单位,他们可直接作为结构域和三级结构的建筑块.某些蛋白质因子与DNA大沟结合的 部位靠的就是某些特异的模体.
结构域（domain）是指在较大的蛋白质分子中形成的某些在空间上可以辨别的结构,往往是球状压缩区或纤维状压缩区.它们也既是结构单位,又是功能单位.例如免疫球蛋白的功能区就是结构域.
显然模体与结构域是不同的概念.