属于内啡肽,为五肽(YGGFX).有两种天然脑啡肽存在于脑、脊髓和肠,两者的区别仅在于C端分别是亮氨酸和甲硫氨酸,其前体(前脑啡肽)相同.内啡肽和脑啡肽的N端4肽序列相同.
组成单位是氨基酸
脑啡肽的结构式：
Met-脑啡肽 Tyr-Gly-Gly-Phe-Met 　　
Leu-脑啡肽 Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu　
由五个氨基酸残基组成的具有吗啡样活性的神经肽