1.进化的单位.达尔文从个体的层面解释进化,而现代生物进化论认为进化的基本单位是种群.
2.遗传变异的本质以及遗传变异如何作用于进化.限于科学的发展达尔文无法做出解释.现代生物进化论认为进化是种群中有利的突变逐代积累、不利的基因逐代淘汰.
3.进化的实质.达尔文仅从自然选择、适者生存的角度来谈.现代生物进化论认为进化的实质是种群基因频率定向改变.即能给进化提供原材料的突变是不定向的,而自然选择是定向的.