A、基因突变在个体中发生的概率非常小，且基因突变引起的差异往往是病态的，A错误；
B、进行有性生殖的生物，亲子代之间性状的差异主要来自基因重组，B正确；
C、环境能影响生物的性状，但这不是子代性状具有多样性的主要原因，C错误；
D、染色体变异在个体中发生的概率非常小，且该变异引起的差异往往是病态的，D错误．
故选：B．