A，1和26的公因数只有1，所以1和26是互素数；
B，15和16的公因数只有1，所以15和16是互素数；
C，4和9的公因数只有1，所以4和9是互素数；
D，12和39的公因数有1和3，所以12和39不是互素数．
故选：D．