两条链都有可能,确实不是随机的,由RNA聚合酶结合序列（也就是启动子）决定.例如,工程上用得比较多的T7 RNA聚合酶特异性识别5'TAATACGACTCACTATAGGG3'启动子序列,并在启动子下游按5‘->3'方向合成RNA.如果另一条链没有相应的序列则不会被转录.