A、梧桐山的鸢每年新增的个体数为研究出生率，为种群水平研究的问题，A正确；
B、深圳红树林的范闱和边界大小为研究群落的边界，属于群落水平上研究的问题，B错误；
C、鼎湖山常绿阔叶林中的优势种，属于群落水平上研究的问题，C错误；
D、根瘤菌和豆科植物之间的关系为研究种间关系，属于群落水平上研究的问题，D错误．
故选：A．