A：马铃薯的食用部分是块状茎，甘薯的食用部分是它的根，不符合题意．
B、藕的食用部分是它的茎，孛荠的食用部分是它的球茎，符合题意．
C、洋葱是叶，叶退化成了鳞片状．胡萝卜供食用的部分是根，不符合题意．
D、藕的食用部分是它的茎，甘薯的食用部分是它的根，不符合题意．
故选：B