A、具有细胞壁的生物，其细胞壁不都是由纤维素和果胶构成的，如原核细胞壁的主要成分是肽聚糖，A错误；
B、生物体内的多糖不都是能源物质，如植物细胞中的纤维素不是能源物质，是细胞壁的主要成分，B错误；
C、需氧型生物的细胞不都以线粒体作为产能的“动力工厂”，如部分需氧型原核生物，C错误；
D、细菌是原核生物，真菌是真核生物，两者都以核糖体作为蛋白质的“装配机器”，D正确．
故选：D．