原子论者将自然世界理论化为由两基本部分所构成:不可分割的原子和空无的虚空(void).在化学反应后,原子仍保持自身不变.分子学说认为：(1)物质是由分子组成的,分子是保留原物质性质的微粒.例如,糖溶解在一杯水里,糖分子遍及全杯水,水就有了甜味.(2)分子是由原子组成,原子则是用化学方法不能再分割的最小粒子,它已失去了原物质的性质.例如,我们平时食用的食盐(氯化钠)的分子是由钠原子和氯原子组成的,氯是有毒的,显然食盐的性质与氯和钠的性质截然不同；另一方面,完全无害的元素碳和氮,组成的化合物却可以是剧毒的气体氰(CN)化物.