问题的答案的确是选A.
因为come about是发生,等于happen；come to来到；come up起来.
it在这里是形式主语,代替从句“you missed the morning class”,所以可以这样理解句子,how "you missed the morning class" come about,意思是你缺席早课这件事是怎样发生的,也就是问原因,这样的用法是很常见的.
而come to,come up完全跟句子的意思不合.