A、由花粉直接发育而来的个体，不论几个染色体组，都是单倍体，A错误；
B、秋水仙素能抑制纺锤体形成，从而使染色体加倍，因此二倍体水稻经秋水仙素处理，可得到四倍水稻，稻穗、米粒变大，B正确；
C、二倍体产生的配子含有1个染色体组，四倍体水稻产生的配子含有2个染色体组，因此二倍体水稻与四倍体水稻杂交，可得三倍体水稻，含三个染色体组，C正确；
D、二倍体水稻的花粉经离体培养，可得到单倍体水稻，单倍体高度不育，没有种子，D错误．
故选：AD．