①洋葱根尖生长点细胞不成熟，没有大液泡，不能发生质壁分离，①错误；  
②人的口腔上皮细胞没有细胞壁，不能发生质壁分离，②错误；  
③洋葱表皮细胞已经成熟，含有大液泡，能发生质壁分离，③正确；  
④干种子细胞通过吸胀吸水，不能渗透吸水，不会发生质壁分离，④错误；  
⑤蛙卵细胞没有细胞壁，不能发生质壁分离，⑤错误；  
⑥洋葱根尖的根冠细胞已经成熟，含有液泡，能发生质壁分离，⑥正确．
故选：B．