whihc修饰它前面的skill,dexterity and judgement,it 应该是指labor,就是最开始一个分句中"the productive powers of labour"里的那个,with which这个从句改成正常的语序就是it is directed or applied with something,这个something就是它前面紧接的skill,dexterity and judgement,即“用技巧、灵活性与判断能力来指导或实施劳动”.
have been 句型：首先是已经结束的过程,所以是完成时；然后,因为主语是由and 连接的两个部分,所以是复数.
这个句子的翻译可以这样：
劳动的生产能力中最大的进步,以及用于指导或实施劳动的技巧、灵活性和判断能力,看来都是劳动分工的成果.