这里,come 和 in 应该分开来讲
come 是句子的谓语,in 和 different colors一起组成介词短语,是状语成分
此句的意思翻译过来是：它呈现出不同的颜色
come 在这里已经作为一个抽象动词存在,已经和它的本意不同
既然come in 不是一个短语,那它们出现在句子中的时候,是自由的组合,并没有严格意思上用于什么情况的说法
请楼主斟酌,
取其精华,去其糟粕